Село возникло на месте поселения древних народов. При заселении, на возвышении, где впоследствии была поставлена церковь, были видны остатки старинных укреплений в виде трех рвов. Основано село в 1858 г. переселенцами из Забайкалья, и названо в честь супруги генерал-губернатора Восточной Сибири графа Н. Н. Муравьева-Амурского Екатерины Николаевны.  В 1862 г. была заложена деревянная церковь во имя великомученицы Екатерины, оконченная в 1865 г. В 1891 г. село посетил государь-наследник Российского Престола, – будущий император Николай Александрович, святой царь страстотерпец. Во время путешествия в Японию при возвращении часть пути он проделал водным путём по реке Амуру, посетив при этом некоторые станицы, в том числе и  Екатерино-Никольскую. В то время в ней было 167 дворов, 1169 жителей, располагалось управление станичного округа, кроме церкви имелись школа, почтовая станция и телеграф. Церковь и часовня уничтожены в годы гонений. На месте храма ныне возвышается пятиметровый гранитный поклонный крест.

Приход во имя святой великомученицы Екатерины был образован в селе в июне 1994 г. В этом году он отметил свое 20-летие. К этой знаменательной дате из соседней Благовещенской епархии с благословения Преосвященнейшего епископа Благовещенского и Тындинского Лукиана был принесен для поклонения ковчег с частицей мощей покровительницы села святой великомученицы Екатерины. 13 июня перед святыней было совершено всенощное бдение.

14 июня Божественную Литургию в приходе совершил архиепископ Иосиф. Ему сослужили секретарь епархии архимандрит Иннокентий (Косарихин), настоятель Ильинского храма райцентра с. Амурзет иеромонах Софроний (Гневшев), настоятель прихода Рождества Богородицы пос. Кульдур иеромонах Игнатий (Момонт), настоятель Никольского храма г. Биробиджана священник Георгий Борисов, настоятель местного прихода священник Георгий Абрамов и клирик кафедрального собора г. Биробиджана протодиакон Георгий Кривоногов. После окончания Литургия был совершен крестный ход с ковчегом святых мощей великомученицы Екатерины. Архипастырь вручил Благословенные Архиерейские грамоты наиболее активным членам прихода.

Затем по лестнице, по которой в 1891 г. поднимался к сельскому храму святой царь страстотерпец, тогда государь-наследник Российского Престола, будущий император Николай Александрович, все участвовавшие в богослужении поднялись к Поклонному Кресту. В находящемся рядом сельском доме культуры владыка осмотрел экспозицию археологических находок, а затем здесь состоялся праздничный концерт. На возвышенном берегу Амура вместе с прихожанами прошла трапеза.